FUNDEI se puede considerar como un conjunto de organizaciones no gubernamentales de derecho privado, con cobertura nacional, que recibe un rol extraordinario de comunicación e interrelación. En esta proyección, FUNDEI es una interesante experiencia de autogestión con dirección coordinada central y descentralización operativa. Organizada por Capítulos Regionales concentrados alrededor de una Oficina Nacional de coordinación y apoyo, FUNDEI posee una Junta Directiva Nacional que reune de forma colegiada y equilibrada la opinión de los Presidentes de Capítulos Regionales así como de Directores nombrados por Cámaras y Asociaciones del sector empleador venezolano, para cumplir con los Grandes Propósitos institucionales de FUNDEI. La Junta Directiva es representada por un Presidente Nacional de FUNDEI y su Secretaría es ocupada por la Dirección Ejecutiva Nacional. El órgano técnico de propuesta y ejecución de FUNDEI es el Directorio Nacional, integrado por ocho Directores Ejecutivos de Capítulo, presididos por la Dirección Ejecutiva Nacional, quien representa los intereses y la opinión colegiada del Directorio ante la Junta Directiva. La Secretaría del Directorio Nacional es ejercida por la Coordinación de Desarrollo Institucional. Los Capítulos Regionales de FUNDEI son Asociaciones Civiles autónomas, sin fines de lucro, que concurren de manera colegiada y voluntaria a la Junta Directiva y al Directorio Nacional para buscar consenso en la planificación coordinada de sus acciones. Los Capítulos Regionales tienen sus estructuras organizativas, patrimonios y personerías jurídicas propios y se reparten las tareas de prestación de servicios en todo el territorio nacional de Venezuela, de acuerdo a un esquema universal de gestión, dividido en cinco Áreas de Actuación.